Die Geschichte des Films Der Bergdoktor beginnt mit einer Szene, in der die Familie Gruber zusammen zu Hause ist, wo Dr. Martin Gruber und seine Familie versuchen, sich an die Veränderungen im Leben anzupassen. Bei einem besonderen Frühstück spüren sie die Freude, dass Martins Mutter, Sylvia, sich nach einer schweren Krankheit wieder erholt. Martin fühlt sich erleichtert und froh, als er ihre Besserung sieht.

Jedoch tritt ein unerwartetes Ereignis ein, als Martins alter Freund Ferdinand Brandner plötzlich auftaucht. Tatsächlich ist er der Vater eines Mädchens namens Lena, von dem Martin nichts wusste. Lena hat gerade erfahren, dass sie Ferdinand’s Tochter ist, und die Beziehung zu Martin ist unklar, was viele Verwirrung stiftet. Währenddessen muss Sylvia auch ein schmerzhaftes Geheimnis aus ihrer Vergangenheit und ihre Beziehung zu einem Mann, den sie liebte, bewältigen.

Martin, der immer versucht, den Frieden in der Familie zu wahren, steht vor einer schwierigen Situation, als die Wahrheit über Lena ans Licht kommt. Er erkennt, dass er etwas tun muss, um das Durcheinander zu lösen, da die familiären Beziehungen in eine schwierige Lage geraten sind.

Gleichzeitig muss Martin sich mit seiner täglichen medizinischen Arbeit auseinandersetzen, Notfälle im Bergdorf behandeln und gleichzeitig Lena helfen, die in einer verwirrten Situation ist und nicht weiß, was sie mit ihrem neuen Leben anfangen soll. Die Situation wird noch komplizierter, als Lena auf mysteriöse Weise verschwindet und viele unbeantwortete Fragen hinterlässt.

Schließlich erkennt Martin, dass er, um seine Familie glücklich und in Frieden zu halten, sich der Wahrheit stellen und schwierige Entscheidungen über die Zukunft aller treffen muss. Alte Beziehungen, Geheimnisse aus der Vergangenheit und Liebe werden zu entscheidenden Faktoren im Leben eines jeden.

Die Geschichte enthüllt allmählich, dass Martin und Lena eine tiefere Verbindung haben, als er dachte, und dass Lenas Rückkehr in sein Leben kein Zufall war. Gleichzeitig zwingt ihn eine wichtige Entscheidung bezüglich der Familie, zwischen einem Leben im Bergdorf oder einer Rückkehr in die Stadt mit neuen Möglichkeiten zu wählen.