In einem Krankenhaus in Leipzig nehmen die Spannungen zu, als Dr. Weber und sein Team mit einer komplexen Herzoperation konfrontiert werden. Der 58-jährige Patient Brückner, der sich vor sechs Monaten einer Bypass-Operation unterzogen hatte, leidet erneut an einer schweren Herzinsuffizienz. Eine hitzige Diskussion entbrennt zwischen Dr. Weber und seinem Kollegen Achim Kreutzer über die beste Behandlungsmethode. Kreutzer, ein erfahrener Arzt, ist der Meinung, dass ein weiterer Bypass ausreicht.

Weber hingegen schlägt vor, die transmyokardiale Laserrekanalisation – eine innovative, aber in Deutschland selten angewandte Technik – einzusetzen.
Als die Spannungen steigen, muss Weber den Chefarzt und seine Kollegen von seiner Methode überzeugen. Er weiß, dass es bei dieser Entscheidung nicht nur um das Wohl des Patienten geht, sondern auch um die Möglichkeit, den Ruf des Krankenhauses und seinen eigenen zu stärken. Doch Kreutzers Skepsis erschwert die Situation erheblich.

In einem privaten Gespräch warnt Kreutzer Weber davor, dass die neue Methode trotz ihres Potenzials scheitern könnte, wenn die Vorbereitung nicht ausreichend ist. Dies würde nicht nur das Leben des Patienten gefährden, sondern auch Webers und den Ruf des Krankenhauses. Nach sorgfältiger Abwägung und Überprüfung der medizinischen Daten des Patienten entscheidet sich Weber, die Laserbehandlung durchzuführen. Mit Unterstützung eines Spezialisten aus einer renommierten Klinik wird die Operation eingeleitet. Die Anspannung im Team ist spürbar, während alle ihre volle Konzentration darauf richten, das Leben des Patienten zu retten.

Brückner übersteht die Operation erfolgreich und erholt sich schnell, was die Richtigkeit von Webers Entscheidung unterstreicht. Dennoch bleiben die Spannungen zwischen Weber und Kreutzer bestehen. Kreutzer erkennt zwar den Erfolg der Operation an, warnt jedoch Weber weiterhin vor den Risiken, die mit einer übermäßigen Abhängigkeit von neuen Technologien einhergehen.
Der Film endet mit einer Szene, in der Weber seinen Patienten mit dessen Familie lachen sieht – ein Symbol für die Bedeutung des Gleichgewichts zwischen Innovation und Verantwortung in der Medizin. „In aller Freundschaft“ ist nicht nur eine Geschichte über medizinische Herausforderungen, sondern auch über Zusammenarbeit und Vertrauen unter Kollegen unter Druck.