An einem gewöhnlichen Tag im Krankenhaus arbeiten Dr. Katrin und Dr. Friedrich zusammen. Katrin macht sich ständig Sorgen um ihren Sohn Lukas, der zunehmend ungewöhnliches Verhalten zeigt, nachdem er von dem Tod seines Vaters gehört hat. Obwohl alle um ihn herum denken, dass sein Vater gestorben ist, ist die Wahrheit eine andere. Lukas steht der Unklarheit über den Tod seines Vaters gegenüber und kann nicht verstehen, warum er ihn nicht treffen kann.

Eines Tages kommt Lukas ins Krankenhaus, um mehr über seinen Vater zu erfahren. Er fordert Informationen darüber, wo er begraben wurde und über Geschichten, die noch nicht erzählt wurden. Doch als Katrin und andere versuchen, zu schweigen, fühlt sich Lukas betrogen und entscheidet sich, das Krankenhaus zu verlassen, um die Wahrheit herauszufinden. Währenddessen beginnt Dr. Friedrich, der sich immer um Katrins Familie kümmert, Unruhe in ihrer Beziehung zu spüren. Er sorgt sich, dass die Wahrheit über den Tod von Lukas’ Vater ihre Familie für immer zerstören könnte. Im Krankenhaus bereiten sich die Ärzte auf eine wichtige Operation vor. Dr. Kreuzer, ein vielversprechender junger Arzt, wurde zum Leiter der neuen Abteilung ernannt. Doch auch seine Karriere ist nicht ohne Probleme, als Gerüchte über Beziehungen im Krankenhaus die Runde machen. Katrin und ihre Kollegen erkennen, dass sie nicht nur mit beruflichen Herausforderungen konfrontiert sind, sondern auch mit schwierigen Entscheidungen im persönlichen Leben.

Als die Wahrheit schließlich ans Licht kommt, muss Lukas einen schweren Schock verkraften, als er erfährt, dass sein Vater nicht wirklich tot ist, sondern aus persönlichen Gründen geheim gehalten wurde. Der Junge entscheidet sich, mit seiner Mutter zu konfrontieren und verlangt eine Erklärung. Doch Katrin kann nur um Entschuldigung bitten und hofft, dass Lukas verstehen wird, warum dies geschah. Trotzdem kann Lukas die Wahrheit nicht akzeptieren. Er läuft davon und beschließt, erst zurückzukehren, wenn alles geklärt ist. Die Geschichte von In aller Freundschaft dreht sich nicht nur um Krankheitsfälle und Operationen, sondern auch um Familie, die Wahrheit und schwierige Entscheidungen im Leben. Obwohl es Konflikte und Leid gibt, vermittelt der Film auch eine Botschaft über Fürsorge und Liebe innerhalb der Familie.